・ローカル用車両(鹿児島本所)

	キハ40系 運用区間 ＜キハ40.140＞日豊本線高鍋〜西都城、肥薩線吉松〜隼人、吉都線 ＜キハ47指宿運用＞指宿枕崎線全線 ＜キハ47霧島運用＞日豊本線宮崎〜西都城、国分〜鹿児島中央、肥薩線吉松〜隼人、吉都線
	キハ200系 運用区間:指宿枕崎線鹿児島中央〜山川(西頴娃)、鹿児島本線鹿児島中央〜鹿児島
	415系近郊型電車(500番台・工事中) 運用区間：日豊本線国分〜鹿児島、鹿児島本線川内〜鹿児島
	817系近郊型電車(工事中) 運用区間：日豊本線延岡〜鹿児島間、鹿児島本線川内〜鹿児島間、宮崎空港線

キハ47,140,147「はやとの風」 運用区間：肥薩線・日豊本線 吉松〜鹿児島中央

・ディーゼル機関車

DE10 1755 吉都線、日南線など南九州の非電化区間での検測車牽引、鹿総車構内の入れ替えに使用。 元国鉄特急色(非電化時代の豊肥本線熊本〜水前寺間で「有明」485系牽引に使用)

・ローカル用車両(宮崎運用)

	キハ40系 運用区間 ＜キハ40,140＞日南線、日豊本線高鍋〜田野 ＜キハ47,147＞日南線、日豊本線佐土原〜西都城、吉都線、肥薩線吉松〜隼人
	713系近郊型電車(工事中) 運用区間：日豊本線延岡〜西都城間、宮崎空港線

・他の運転所、会社から宮崎県内に乗り入れる車両

	783系ハイパーサルーン(工事中) 所属：南福岡電車区(北ミフ) 運用区間：鹿児島本線小倉〜南福岡間、日豊本線小倉〜南宮崎間、宮崎空港線
	JR貨物　ED76型電気機関車(工事中) 所属：JR貨物門司機関区〔門〕 運用区間：鹿児島本線門司〜八代、川内〜鹿児島間、日豊本線小倉〜南延岡間、長崎本線鳥栖〜鍋島間、肥薩おれんじ鉄道 ※宮崎県内へは延岡までのコンテナ貨物、南延岡までの専用貨物、コンテナ貨物列車(いずれも南延岡で旭化成に引継ぎ)で乗り入れ。

・退役車両

	キハ31形 運用区間：肥薩線八代〜吉松 日南線南宮崎〜油津、日豊本線佐土原〜南宮崎間 ※2005年頃宮崎配置車両全車転出。2019年に最後の22番が廃車。肥薩線2017年頃撤退。
	キハ58系 ※2006年末をもって北部からのキハ47転入に伴い全車運用離脱。
	717系近郊型電車 運用区間：日豊本線大分〜鹿児島中央間、宮崎空港線
	475系急行型電車 ※2007年3月18日限りで定期運用離脱。
	485系 運用区間 ＜RED塗装・５連＞日豊本線全線、宮崎空港線 ＜K&H,きりしま,RED各塗装３連＞日豊本線宮崎神宮〜鹿児島、鹿児島本線川内〜鹿児島

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